علی خامنه‌یی، رهبر مذهبی ایران از جنگجویان لشکر فاطمیون که شهروندان افغانستان استند، ستایش می‌کند و می‌گوید که جنگجویان افغان در میدان‌های نبرد بیشتر از دیگران پایداری داشته‌اند.
خامنه‌یی، این اظهاراتش را در دیدار با شماری از خانواده‌های افغان که نزدیکان شان را در جنگ سوریه از دست داده‌اند بیان کرده‌است.
لشکر فاطمیون که متشکل از مهاجران افغانستان در ایران است که در سوریه به حمایت از بشارالاسد، رییس‌جمهور سوریه با داعش می‌جنگیدند. در این نبردها، ده‌ها تن از این جنگجویان افغانستان کشته شدند.
رهبر مذهبی ایران می‌گوید: «افغانستانی‌ها (فاطمیون) در میدان‌های جهاد و دفاع آن‌طور که به من اطلاع دادند از دیگران استقامت بیشتری داشتند و پایدارتر بودند. هرچه استقامت در راه خدا بیشتر باشد اجر و ثواب بیشتری دارد. خدا درجات شهدای ایشان را عالی کند.»
حکومت افغانستان اما می‌گوید که ایران از مهاجران افغانستان سو استفاده کرده‌است و این مهاجران هم ازبهر مشکلات اقتصادی مجبور شده‌اند در سوریه بجنگند.
ملالی شینواری، مشاور رییس جمهور افغانستان در این باره گفت: «آن‌ها از مشکلات اقتصادی افغان‌ها استفاده سوء می‌کنند، آن مشکلاتی که در کشور خود شان دست و گریبان استند بخاطر منافع خود شان (ایرانی‌ها) استفاده نادرست می‌کنند.»
در این میان، وزارت امور خارجه افغانستان می‌گوید که شمار بزرگی از مهاجران افغان برای جنگ در سوریه استخدام شده‌اند و حکومت افغانستان چندین بار از ایران خواسته که با پناهجویان افغان همچون مهاجر برخورد کند.
صبغت احمدی، سخن‌گوی وزارت امورخارجه کشور گفت: «متأسفانه این مواردی است که ادامه پیدا کرده. ما امیدوار استیم که جمهوری اسلامی ایران به عنوان یک کشور دوست و همسایه و دولت مسؤول، این موارد را جدأ مورد توجه قرار بدهد.»
در همین حال، رییس کمیسیون حقوق بشر افغانستان سربازگیری مهاجران افغان را برای جنگ سوریه یک تخطی جدی می‌داند.
سیما سمر، می‌گوید: «استفاده از مجبوریت و فقر مردم معلومدار یک تخطی حقوق بشر است.»
با این هم، رهبر مذهبی ایران جوانان افغان را که در جنگ سوریه شرکت کردهاند، فداکار و پرانگیزه می‌داند و می‌گوید که از نزدیک با جوانان افغان ارتباط داشته است و جوانان افغان را با انگیزه و ثابت قدم دیده‌است.