همزمان با تلاش‌های کمیسیون مستقل انتخابات برای آماده‌گی به انتخابات ریاست‌جمهوری، حکومت بر آوردن اصلاحات بنیادی در این کمیسیون تأکید می‌ورزد.
مشاور امور رسانه‌یی سرور دانش، معاون دوم رییس‌جمهور می‌گوید که اگر پیش از برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری، در کمیسیون مستقل انتخابات اصلاحات به میان نیاید، انتخابات سال آینده نیز با نابه سامانی‌های فراوان روبه‌رو خواهد شد.
آقای هدایت در این باره میافزاید: «مشکلات بسیار زیاد بود، قابل انکار نیست متأسفانه. به همین خاطر است آن مشکلاتی را که ما در انتخابات گذشته داشتیم ایجاب می‌کند که اصلاحات در کمیسیون‌های انتخاباتی بیاید. ولی این که اصلاحات تا کجا باید باشد، تا چه مرحله‌یی را در بربگیرد تاهنوز در حکومت تصمیم گرفته نشده.»
اما، نهادهای ناظر بر روند انتخابات، می‌گویند که اعضای کمیسیون مستقل انتخابات قانون اساسی و قانون انتخابات را نقض کرده‌اند و باید از مقام‌های شان برکنار شوند.
محمد یوسف رشید، رییس اجرایی فیفا گفت: «نقض قانون اساسی صورت گرفته و مسؤولش کسانی استند که تصمیم گیرندۀ همچو موارد بوده‌اند. از لحاظ قانون انتخابات، ما اگر محاسبه کنیم - چیزی که همکاران ما محاسبه کرده‌اند - بیشتر از ۲۲ مورد قانون انتخابات نقض شده، اما این که حکومت به شمول رییس رییس‌جمهور این که میکانیزم اداری این را طی نمی‌کند مسؤولیت آن بر می‌گردد به خود رییس‌جمهور.»
در همین حال، کمیسیون مستقل انتخابات از به میان آمدن اصلاحات در این کمیسیون در روزهای نزدیک سخن می‌زند.
سید حفیظ الله هاشمی، کمیشنر این نهاد می‌گوید: «هم به سطح بخش‌های تخنیکی، هم به سطح رهبری دارالانشا و هم اعضای کمیسیون، اصلاحات بنیادی درنظر است که شما در روزهای آینده شاهد آن خواهید بود.»
نهادهای ناظر بر روند انتخابات، اعضای کمیسیون مستقل انتخابات و کارمندان بلندپایۀ این نهاد را به فساد مالی، ناتوانی در کار مدیریت و نقض قانون متهم می‌سازند و می‌گویند این افراد باید به نهادهای عدلی و قضایی معرفی شوند.