در حالی‌که کمیسیون مستقل انتخابات نتایج نخستین انتخابات مجلس سیزده ولایت را اعلام کرده‌است، اما نهادهای ناظر روند شمارش آرا در این نهاد را شفاف نمی‌دانند.
به گفتۀ آنان، کمیسیون مستقل انتخابات معیار مشخصی برای شمارش آرا ندارد و این روند در شماری از ولایت‌ها به گونۀ سلیقه‌یی انجام می‌شود.
محمد امید نورزی، مسؤول بخش عملیاتی بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه در این باره می‌گوید: «ارقام و گزارش‌هایی را که ما از ولایت‌ها داشتیم نشان می‌دهند که در بعضی ولایت‌ها بایومتریک اساس بوده در بعضی ولایت‌ها لیست رأی‌دهنده‌گان اساس بوده و در بعضی ولایت‌ها محتویات داخل صندوق اساس بوده و معیار مشخصی برای بازشماری وجود نداشته و چند گانگی در بازشماری ارا در ولایت‌ها وجود داشته.»
اما، کمیسیون مستقل انتخابات می‌گوید که برای شناخت برنده‌گان انتخابات مجلس نماینده‌گان، آرای بایومتریک شده و نیز آرای بایومتریک ناشده حساب شده‌اند.
سید ذبیح الله سادات، معاون سخن‌گوی کمیسیون مستقل انتخابات اظهار داشت: «فهرست رأی‌دهنده‌گان اساس بود و هر کسی که در روند ثبت نام شرکت کرده بودند و رأی دادند و رأی شان بایومتریک شده یا بایومتریک ناشده بود، اما نام شان در فهرست ثبت بوده رأی شان حساب شده.»
در همین حال، احزاب و جریان‌های سیاسی اعلام نتایج نخستین برخی ولایت‌ها را شفاف نمی‌دانند و بر با اعتبار دانستن آرای بایومتریک شده تأکید می‌ورزند.
اسدالله سعادتی، عضو کمیتۀ سیاسی احزاب سیاسی می‌گوید: «نگرانی ما این است که این روند بسیار آهسته پیش می‌رود و خلاف اصولی که خود این کمیسیون اعلام کرده بود پیش می‌رود. اینان باید نتایج قسمی ولایت‌ها را یک باره اعلام می‌کردند حالا یک ولایت دو ولایت اعلام می‌شوند.»
با آن‌که کمیسیون مستقل انتخابات آرای بایومتریک شده را بیش از سه میلیون اعلام کرده است، اما نهادهای ناظر می‌گویند که این نهاد تا کنون ارقام مشخصی از این آرا را در اختیار این نهادها قرار نداده است.