تاجیکستان، ایران را به دست داشتن در قتلهای چهرههای پرنفوذ در دهۀ ۹۰ متهم میسازد.
یک مقام تاجیکستانی گفته است که ایران، در ترور چهرههای پرنفوذ به شمول سفیرعلی خنجایوف، رییس پیشین پارلمان تاجیکستان در سال ۱۹۹۹ دست داشته است.
تلویزیون ملی تاجیکستان روز سه شنبه ۱۷ اسد، فیلم مستندی پخش کرده که در آن وزیر کشور تاجیکستان، ایران را متهم می‌کند که در راه اندازی جنگ داخلی تاجیکستان نقش داشته و از حزب احیای اسلامی تاجیکستان حمایت کرده است.
در این فلم مستند، وزارت داخلۀ این کشور گفته است کسانی که افراد را در تاجیکستان ترور میکردند در ایران آموزش می‌دیدند.
در جریان ترورها در تاجیکستان بین سال‌های ۱۹۹۷ تا ۲۰۰۴ تعدادی از شخصیت‌های برجسته فرهنگی، هنری و سیاسی تاجیکستان از جمله صفرعلی کنجایف، رییس پیشین پارلمان این کشور، محمد اوسیمی، مفتی اعظم تاجیکستان و کریم یولدوشف، مشاور ارشد رییس جمهور و همچنین ۲۰ سرباز روس ترور شدند.
اما ایران دربارۀ این ادعا چیزی نگفته است.