در سه هفتۀ اخیر نشست شورای امنیت ملی در ارگ ریاست جمهوری برگزار نشده است و به جای آن، نشست سرقوماندانی اعلی دایر می شود.
قادرشاه، سخنگوی شورای امنیت ملی می گوید مسایل مهمی که قابل بحث باشند، در نشست سرقوماندانی اعلی روی آن گفتگو می شود.
وی در این باره می افزاید: «مسایلی که به بخش های نظامی و امنیتی ربط دارند، در نشست های سرقومندانی اعلی، به بحث گرفته می شوند. این نشست نظر به اوضاع، هفته یک یا دوبار برگزار می شود. نشست شورای امنیت ملی، به گونه عموم، روی موضوعاتی چون پالیسی ها و سیاست ها می چرخد و این نشست به صلاح رییس جمهور و هنگامی که نیاز باشد، برگزار می شود. جدا از آن روزهایی که رییس جمهور در سفرهای رسمی باشد، هیچ هفته یی نیامده است که در آن، نشست شورای امنیت ملی و یا نشست سرقومندانی اعلی برگزار نشده باشد.»
بر بنیاد داده های حکومت، جلسۀ شورای امنیت ملی معمولاً هفتۀ یک‌بار تحت ریاست رییس جمهور برگزار می شود که در آن ضمن بررسی مسایل مهم امنیتی کشور، پالیسی‌ها، استراتیژی‌ها و طرزالعمل‌ها و سایر برنامه‌های مرتبط به امنیت ملی کشور به تصویب می‌رسند.
این شورا به شمول رییس جمهور شانزده عضو دارد و معاونان ریاست اجراییه نیز اعضای این شورا اند.
برخی از منابع می گویند که نشست های هفته وار شورای امنیت ملی، پس از گفته های محمد محقق معاون دوم ریاست اجراییه در بارۀ جنگ سوریه و نقش جوانان افغان و ایران در این جنگ، متوقف شدند.
به گفته این منابع، رییس جمهور می خواست در نخستین نشست پس از این گفته های آقای محقق، عضویت او را در نشست شورای امنیت ملی، ملغا سازد؛ اما پس از مخالفت عبدالله عبدالله با این تصمیم اشرف غنی، نشست شورای امنیت ملی برگزار نشد.
از سویی هم، آصف آشنا، معاون پیشین سخنگوی ریاست اجراییه در این باره می گوید: «به دلیل تفاوت نگاه میان ارگ و سپیدار در قبال جنگ عربستان و یمن، این اختلاف ها حاد شده اند و در تازه ترین مورد هم، پس از اظهارات آقای محقق در تهران، ارگ ریاست جمهوری در پی این است که معاون دوم ریاست اجراییه را از جلسه های شورای وزیران و جلسه های کابینه عزل بکند.»
در این باره، تاکنون از محمد محقق دیدگاهی به دست نیامده است.
آقای محقق، در گفته هایش در بارۀ جنگ سوریه، جنگ جویان افغان را در آن کشور ستوده بود و نیز از کار کردهای جنرال قاسم سلیمانی، فرمانده عملیات های برون مرزی سپاه پاسداران ایران - که از طراحان لشکر فاطمیون گفته می شود - سپاس گزاری و ستایش کرده بود.
پس از آن که اظهارات آقای محقق واکنش هایی را در افغانستان برانگیخت، ارگ ریاست جمهوری به تاریخ هشتم ماه قوس، در یک خبرنامه یی گفت که این گفته های آقای محقق در مغایرت با اصول سیاست خارجی، منافع ملی، ثبات و امنیت افغانستان قرار دارد به هیچ وجه نماینده گی از نظریات دولت افغانستان نمی‌کند.